姚仙最初设定《仙剑二》的2个剧本
《仙剑奇侠传二》使用的剧情构想是谢崇辉的构想，而姚仙其实当初自己曾构想过两个剧本，可以没有应用到《仙剑二》中。
如果从第一次提案开始算，《仙剑二》开发了整整七年，其间不断修整，不断内耗，堪称“仙剑”系列中开发成本最高之作。2002年初，随着谢崇辉等狂徒成员的集体出走，项目再度陷入瘫痪。由于李永进曾向外界保证《仙剑二》会在2002年底出来，加之研发周期是在拖得太长，蔡明宏不得不抽调DOMO 小组的美术人员前去救火，已经驻扎北京的姚壮宪也被召回修改剧本。
由于时间紧迫，大家决定先从表现最差的地方去改。《仙剑二》用的是《轩辕剑三》的引擎，程序方面问题不大，主要是美术和剧情。例如在最初设定的战斗画面中，我方人物看上去矮矮胖胖，与怪物在比例和风格上很不协调，这一块最先被改掉。剧情修改的时间尤为紧张，为了便于美术人员的后续工作，剧情需要提前三四个月确定下来，所以留给姚壮宪修改剧情的时间实际上只有两三个月。姚壮宪并未对谢崇辉留下的剧本作大幅改动，而是把有限的是时间花在了对游戏中几位主角的性格和对白的补充和修饰上，尤其是苏媚，姚谢两个版本中的她判若两人。在谢崇辉的剧本中，苏媚是一个纯粹的反派角色，一心念着报仇；而在最终版本里，苏媚被姚壮宪改成了一个敢爱敢恨、内心挣扎的女子，她也因此成为《仙剑二》中最令人感动、给人印象最深的角色。
姚壮宪认为剧情是主观之物，并无好坏之分，性格不同的制作人，他们笔下的剧情和角色必然回大不相同。他举例说，《仙剑三》中的魔尊“重楼”就是张毅君和张孝全的典型形象，由于他们两人都是很热血的性格，所以塑造的“重楼”也很阳刚，有着任性、执着和好胜的性格。而这样的角色是姚壮宪所不擅长的，他刻画的男性角色大多性格温和。
在离开台湾之前，姚壮宪也曾为《仙剑二》写过几版剧情，其中两版是他比较满意的。这两版的故事背景设定在某个民不聊生的年代，穷人走投无路，被迫落草为寇，成为山贼，他们平时只打劫过路的商贾，从不骚扰附近的县城。游戏的男主角张真就是由这样一群山贼收养大的，而游戏的女主角唐晓诗（《仙剑三》中的“唐雪见”即源于此名），则分成了两个不同的版本。
在第一个版本中，女主角是县城大员外的女儿，从小体弱多病，却也因此而渐渐精通了药理。一次她出门采药，走得太远，在山脚下遇见了野兽，危急中被男主角搭救。两人相谈甚欢，并约好了今后常常见面。女主角平时被家人管得很紧，出来走动得机会较少，男主角便经常溜进县城看她，还帮她采药。就这样，两人从相识、相知，一路走到相爱。而此时，一系列令人意想不到的变故发生了，女主角的身世也逐渐被揭开。原来她的体质所以异于常人，是因为在她身体里流淌着魔尊的血统。二十年前，一场惨烈的战斗将魔王暂时封印了起来，女主角即在那一刻诞生。她既是封印魔王的锁，又是打开封印的钥匙。二十年后，即将迎来20 岁生日的她成了人族与魔族争夺的对象。魔族四处打探她的下落，企图把她抓回去，作为祭品解开魔王的封印。而员外也并非她的生父，他只是奉命看守这把“钥匙”，不让她落入魔族手中。虽然他们之间已经结下了深厚的亲情，但如果最终无法击退魔族，为了人类的命运，他只能选择把她杀死。
这一系列巨变彻底改变了男女主角的命运，他们二人都面临着艰难的抉择。姚壮宪为这一版剧情设计了两个结局：一是女主角在决战前夜接受了男主角的表白，第二天，她不辞而别，找了个僻静的地方，服下自己调制的毒药，独自一人默默死去，留下男主角在梦里寻她。另一个是大团圆结局，男主角找到了无需牺牲女主角即可封印魔头的方法，两人最终喜结连理。
第二个版本中的女主角是秦朝的一名年轻女子。秦始皇炼不死丹药，每炼出一批，就以童男童女为试验对象。这些童男童女或因丹药之毒而死，或为保守秘密而被杀。女主角与其他十数名年龄较小的童男童女是最后一批试验品，在他们服下丹药后，秦始皇即告驾崩，他们被作为陪葬品关进了陵墓。没有人知道，他们服下的不死丹药其实已经炼制成功，这批童男童女因此而获得了长生不老的能力。他们日夜生活在陵墓中，不吃不喝，只依靠调息维持生命。
几百年后的一天，一群盗墓贼掘开始皇陵，吃惊地发现墓中居然还存活着几百年前的古人。为了获得不死的秘密，他们掳走了其中一名童男。为救回同伴，女主角离开陵墓，在与世隔绝几百年后，重新踏进了凡间。这一天，疲惫不堪的她来到山脚下，被一群山贼团团围住。恍惚之间，她看到了混在山贼中的男主角，将他错认为自己几百年前的男友，扑进他怀里痛哭起来，随后便因又累又饿昏了过去。众山贼以为这名陌生女子与男主角之间曾有过一段感情纠葛，便将她接回山寨，有意撮合二人。女主角清醒后发现自己认错了人，不过众人也算有救命之恩，她便在山寨上暂时安顿了下来，帮大家做些家务之事，并在附近继续寻找那名被掳的男童。
很快她就打探到了同伴的下落，将他从盗墓贼手中解救出来，准备带他一起返回始皇陵。临走前，男主角向她表明了爱意，却被她断然拒绝。虽然这些日子来，她也已对他心生爱意，但她却一直在压抑这份感情，因为她知道自己的人生是没有终点的，在永生面前，爱情、亲情、友情，一切的社会关系都会变得毫无意义。即便两人结合，终有一天她也将不得不目送心上人先她而逝，自己则背上沉重的记忆，孤单地在天地之间苟活。与其如此，还不如现在就回到陵墓中去，独守黑暗。她悄然而去，不久，男主角也离开了山寨，四处漂泊，寻觅她的踪迹。最后他终于找到了她居住的陵墓，却又不知该如何入内。与此同时，试图窃取长生不老药的人也在寻找着进入陵墓的途径。为了不让心爱的人受到伤害，他独自一人与他们展开了周旋……
姚壮宪说他更喜欢第二个版本，可惜这个版本与“仙剑”的世界观没有多大联系。“今后如果有机会自己去做，我还是想把它做出来。”他笑着说。不过，这样的机会或许要等到他退休以后了。
